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水生生態系統是一個維持水質，病原，水生生物之間平衡關系的極為復雜的系統。在探討水產動物病害發生的原因，對水環境微生物的研究(特別是細菌)時，往往都認為是有害的，微生物生態學和微生態的研究表明水環境和水生生物中存在大量的有益微生物，這些微生物直接影響水質和水產養殖。其實微生物無論從群體還是從個體說，它都是具有兩重性，既有致病作用，也有生理作用，致病作用和生理作用是相對的，只有在特殊狀態下，才會表現致病作用。
